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公司下轄重慶巴山水電開發有限公司、重慶雲能發電有限公司、重慶酉水水電開發有限公司、豐都縣發電有限公司、重慶華能石粉有限公司等5家全資或控股企業，參股重慶大唐彭水公司、重慶江口水電公司等2家公司，擁有78.79萬千瓦的權益裝機容量，石粉産能210萬噸/年。

巴山公司：重慶巴山水電開發有限公司于2003年11月在重慶市城口縣注冊成立，是重慶能投新能源有限公司的全資子公司，主要緻力于水電資源開發及水力發電生産經營。在城口縣任河流域相繼建成投産巴山、蹇家灣、白果坪、生态等4座水電站，總裝機8台，裝機容量18.1萬千瓦。公司現有注冊資本3.2億元，總資産12.98億元。

雲能公司：重慶雲能發電有限公司于2008年9月在重慶市雲陽縣注冊成立，是重慶能投新能源有限公司的全資子公司，主要緻力于水電、風電資源開發及發電生産經營管理，兼顧旅遊、養殖、生态環境等其它綜合利用效益。下轄裝機規模13.2萬千瓦的蓋下壩水電站和裝機規模8.47萬千瓦的萬州蒲葉林風電場（其中，一期項目4.95萬千瓦，二期項目3.52萬千瓦）。公司現有注冊資本1.1億元，總資産23.92億元。

酉水公司：重慶酉水水電開發有限公司于2004年7月在重慶市酉陽縣注冊成立，是重慶能投新能源有限公司（占股70%）和中國電建集團中南勘測設計院有限公司（占股30%）的合資公司，主要緻力于水電資源開發及水力發電生産經營。下轄裝機規模12萬千瓦的酉酬水電站，公司現有注冊資本2.91億元，總資産12億元。

豐都公司：豐都縣發電有限公司是重慶能投新能源有限公司的全資子公司，主要緻力于水電資源開發及水力發電生産經營。下轄石柱分公司、彭水分公司、暨龍河發電廠、飛龍發電廠、白水河發電廠等5個水電生産單位，總裝機容量5.07萬千瓦。公司現有注冊資本8710萬元，總資産6.85億元。

華能石粉公司：重慶華能石粉有限責任公司于1996年由原重慶華能石粉廠改制為公司，是國内首家為火力發電廠煙氣脫硫示範裝置專用配套的環保型企業，由重慶能投新能源有限公司、重慶市江津區國有資産監督管理委員會和華能重慶珞璜發電有限責任公司三家股東共同出資組建，分别占股43%、32%、25%。公司現有資産總額1.8億元、員工180餘人，